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Mit dieser Funktion können Indexdateien neu aufgebaut werden, sollten sich einmal aufgrund eines Systemabsturzes o.ä. Inkonsistenzen eingeschlichen haben. 
Das Reorganisations-/Rebuild-Programm muss zwingend durchgeführt werden, bevor ein Update des Jack Programms erfolgen kann.
Voraussetzung ist, dass alle anderen Arbeitsplätze Jack schließen, sonst kann es zu Datenverlusten und/oder beschädigten Datenbanken kommen!
Je nachdem, in welchem Bereich von Jack sich die Inkonsistenzen ergeben haben, kann man das Reorganisieren auf bestimmte Bereiche der Software beschränken. Gerade bei großen Datenmengen empfiehlt sich dies, da der Rebuild-Prozess ansonsten einige Stunden dauern könnte.